Обучение в РПИК ведется по очной форме (на основе договоров без оплаты стоимости обучения), по очно-заочной и заочной формам (на основе договоров с оплатой стоимости обучения юридическими и (или) физическими лицами). 

На всех факультетах помимо основного профессионального образования студенты получают базовое богословское образование. Перечень богословских дисциплин и их содержание соответствуют программам, принятым в высших духовных учебных заведениях Русской Православной Церкви. 

После завершения четырехгодичной бакалаврской подготовки студент имеет возможность продолжить обучение для получения степени магистра. Магистратура действует по 9 направлениям: Теология, Религиоведение, История, Филология, Педагогическое образование, Экономика, История искусств, Декоративно-прикладное искусство и народные промыслы, Дирижирование.

РПИК предоставляет возможность получить богословское образование людям, уже имеющим высшее светское образование.

Использование в образовательном процессе дистанционных технологий (обучение через Интернет) позволяет получить образование жителям отдаленных областей России и зарубежья, а также людям, не имеющим возможности посещать занятия и экзамены по различным причинам. Для Интернет-обучения доступны программа профессиональной переподготовки «Теология, программа подготовительных интернет-курсов: «Основы православия», а также краткосрочные Интернет-курсы по отдельным  дисциплинам.

Ежегодно университет проводит Всероссийскую Конференцию, которая объединяет достижения светской и церковной науки. Форум охватывает широкий круг проблем, связанных с богословием, в том числе в смежных гуманитарных областях: филологии, истории, философии, искусствоведении, педагогике,психологии.